La deuxième saison de mahoromatic met en scène une Mahoro et un Suguru profitant au maximum de la vie. Le cyborg ennemi juré de Mahoro perd son aura d'assassin et, ayant prit goût à la vie sur Terre, se décide à rester professeur au lycée de Suguru. Les situation les plus cocasses (et ecchi) s'enchaînent à vitesse grand V jusqu'à l'apparition d'une jeune cyborg maladroite bien qu'adorable qui sera accueillie puis présentée aux autres comme la petite soeur de Mahoro. Bien que la vie poursuive son cours, tout ne va t'il pas changer? Qui est réellement ce cyborg et quels sont les ennemis de Mahoro et de Vesper qui se rassemblent dans l'ombre. Sans compter que le temps accordé à Mahoro touche à sa fin...