Après avoir aidé le royaume de Tristein à repousser la tentative d'invasion par la perfide Albion, Saito Hiraga rentre au Japon à bord de son chasseur Zero. Suite à la perte de contrôle de son appareil, Saito s'écrase.... avant de se réveiller au pied du lit qu'il partage avec sa bien aimée Louise de la Vallière dans une chambre de l'académie de magie! Notre héros n'a en effet pas pu se résoudre à abandonner l'élue de son cœur et a donc décidé de rester auprès d'elle. Ses exploits passés sont reconnus au sein même du palais a tel point que la princesse en personne décide de l'embaucher (ainsi que Louise) pour servir le royaume. Mais dès le lendemain, la princesse est enlevée et le palais requiert l'aide de nos deux héros...
Nono Nekomiya, Makoto Yuki, Iori Yuzuki et Matsuri Amachi étaient des amis très proches au collège. Allant tous dans des lycées différents, ils ont décidé d’enterrer une boîte de souvenirs sous un arbre de l’école et se sont promis de se retrouver trois ans plus tard pour la déterrer ensemble. Ainsi, ils sont tous au rendez-vous et c’est l’occasion pour eux de se remémorer des souvenirs et de s’expliquer sur certaines choses.
L’histoire se déroule sur Terre, dans un futur proche, années 2100. Nous nous retrouvons dans une période de guerre, qui a commencé 11 ans plus tôt. Ce conflit oppose les deux mêmes protagonistes qu’il y a 12 000 ans, c’est à dire les Anges déchus, des humanoïdes ailés, aux humains… Les deux parties s'affrontent car les Anges déchus considèrent que les humains polluent la Terre, perturbent le cycle de la vie. Or le cycle de vie est représenté par l'Arbre de la Vie qui est à la garde des Anges déchus, au sein de leur royaume d'Atlandia. Lors du premier conflit qui opposa les deux camps il y a 12 000 ans, un des Anges déchus, nommé Apollonius avait trahi son camp, pour l'amour d'une humaine, Siren. Afin de protéger les humains, il prit les commandes du mecha Aquarion. Ces mechas ne peuvent être pilotés que par des élus, appelés les « Ailes du Soleil ». Les élus ont des dons comme la pyrokinésie, la télékinésie et sont également capables de faire appel aux Éléments. Le conflit prit fin et on n'entendit plus parler des Anges déchus pendant près de plusieurs millénaires, jusqu’à cette fameuse guerre débutée il y a 11 ans.
À l’heure actuelle, les humains qui ont survécu, vivent dans des villes boucliers protégées par des champs de force. L’Aquarion correspond à la combinaison mécanique et psychique de vectors et de leurs pilotes. Le premier épisode vous emmène dans une ville, où le combat fait rage...
Sven Volfied est un sweeper, c'est-à-dire un chasseur de prime qui attrappe ses cibles et les livre à la police pour gagner sa vie. Il traîne de boulot en boulot mais ne trouve pas assez de jobs conséquents pour vivre convenablement. Sa vie va être bouleversée par deux rencontres. La première est celle d'Eve, une petite fille artificielle créée pour être une arme biologique. Sven va s'occuper d'elle comme un père mais il doit aussi protéger contre quelqu'un qui veut la tuer... Black Cat, la "deuxième rencontre". Black Cat (alias Train Hearnet) est le héros de l'histoire et d'ancien tueur professionnel à la solde de l'organisation Chronos, il va devenir sweeper aux côtés de Sven et Eve. Mais tout n'est pas si simple, car un ancien collègue de Black Cat (Creed) veut révolutionner le monde en destruisant Chronos et les humains, tant qu'à y être ! Train Heartnet, qui voulait tirer un trait sur son sombre passé, va devoir empêcher ce malade dangereux de parvenir à ses fins. Mais maintenant, il n'est plus seul...
